Основными направлениями деятельности Института являются: организация и проведение научных исследований; проведение научных, методических семинаров и конференций; издание научного электронного журнала; подготовка заявок на конкурсах грантов; подготовка научных кадров; научное сотрудничество с ведущими учеными Байкальского региона.
Созданию Института предшествовала заключение Бурятским государственным университетом и Забайкальским государственным университетом 25 мая 2012 года соглашения о научно-исследовательском, методическом и образовательном сотрудничестве.
С этого времени было проведено 3 семинара в г. Улан-Удэ с аспирантами, слушателями и докторантами Бурятского государственного университета и 1 выездной (в г. Иркутске) Круглый стол. Рассматривались вопросы методики и методологии организации и проведения научных исследований.
В настоящее время завершается работа по созданию сайта Института экономических исследований; создан и проходит регистрацию на получение номера ISBN электронный научный журнал; организовывается секция в рамках конференции, посвященной 80-летию Бурятского государственного университета; поданы заявки на конкурс грантов Российского гуманитарного научного фонда.