Отдел работает в тесном взаимодействии со структурными подразделениями университета (отделом кадров, управлением по работе со студентами, общим отделом, деканатами административно-хозяйственной частью и др.), по делам ГО и ЧС Советского района, управлением ГО и ЧС г. Улан-Удэ, Отделом надзорной деятельности (ОНД) по г. Улан-Удэ, управлением надзорной деятельности главного управления МЧС России по РБ.
На базе БГУ созданы сборно-эвакуационный пункт №4 (СЭП №4),пункт выдачи средств индивидуальной защиты №11. Сотрудники университета постоянно принимают участие в командно-штабных тренировках, тактико-специальных учениях, командно-штабных учениях. По результатам учений командно-начальствующий состав БГУ неоднократно поощрялся администрацией района и г. Улан-Удэ.