Кафедра информатики была образована в 1992 году в результате отделения от кафедры Вычислительной техники и технических средств обучения БГПИ. Была поставлена задача подготовки учителей по специальностям: «Математика-информатика» и «Физика-информатика». Первым заведующим кафедрой был кандидат физ.-мат. наук А.С. Казаров.
С 1995 года по 2002 год кафедрой руководил кандидат физ.-мат. наук, доцент В.В.Убодоев (специалист в области теории систем и дифференциальных уравнений), ученик выдающего математика Санкт-Петербургского госуниверситета, чл.-корр. РАН, лауреата Гос.премии, доктора физ.-мат. наук, профессора В.И. Зубова.
В феврале 2002 года на базе кафедры информатики была создана кафедра информационных технологий. Кафедру возглавил директор института динамики систем и теории управления СО РАН, чл.-корр. РАН, лауреат Госпремии, академик РАЕН, доктор физ.-мат. наук, профессор Васильев Станислав Николаевич, который является крупным российским ученым, специалистом в области искусственного интеллекта, теории управления, математического моделирования и системного анализа.
Преобразование Бурятского государственного педагогического института в классический университет поставило перед кафедрой задачу подготовки специалистов по новым специальностям. Несмотря на большие трудности, связанные с этим, и бурное развитие информационных технологий, сотрудники кафедры сумели перестроить свою работу, тематику научных исследований, освоить новые дисциплины и технологии, укрепить кадровый потенциал кафедры. Были приглашены работать к.ф.-м.н. Дармаев Т.Г. (геоинформационные технологий и вычислительная математика), к.т.н. Степанов Б.М. (корпоративные сети), к.ф.-м. Занданова Г.И. (базы и банки данных, системы искусственного интеллекта), к.т.н. Извеков Я.О. (системы мониторинга сложных объектов).
В последующие годы кафедрой заведовали к.т.н. Степанов Б.М., к.ф.-м.н. Бадеев А.В., к.ф.-м.н. Францев Г.Л., к.т.н. Хандаров Ф.В., к.ф.-м.н. Занданова Г.И., к.п.н. Цыбиков А.С.
С 1 сентября 2023 года кафедра информационных технологий реорганизована в кафедру информационных систем и методов искусственного интеллекта.
В настоящее время кафедру возглавляет к.п.н Цыбиков Анатолий Сергеевич