В 1999 году был организован медицинский факультет БГУ и кафедра хирургических болезней, в состав которой входило 14 дисциплин. Первым заведующим кафедрой в 2000 году приказом ректора БГУ С.В. Калмыкова назначен доктор медицинских наук, профессор Геннадий Федорович Жигаев. В 2006 году ему присвоено звание заслуженный деятель науки РФ.
В 2003 году кафедра была преобразована в кафедру хирургии №2.
Кафедра госпитальной хирургии образована в 2006 г. (приказ №204 от 4 мая 2006 г.), в связи с объединением кафедры хирургии №2 и кафедры хирургии №3.
Заведующим кафедрой был назначен доктор медицинских наук, профессор Владимир Евгеньевич Хитрихеев.
В 2014 году, связи с реорганизацией медицинского факультета в медицинский институт, Хитрихеев В.Е. назначен директором медицинского института.
В 2014 году заведующим кафедрой назначен доктор медицинских наук, доцент Владислав Павлович Саганов.
За кафедрой закреплены следующие дисциплины: экстремальная и военная медицина; безопасность жизнедеятельности и медицина катастроф; хирургические болезни; неврология и нейрохирургия; оториноларингология; онкология; реанимация и интенсивная терапия.