Лечебная работа осуществляется на 3-х клинических базах: Республиканская клиническая больница им. Н. А. Семашко (главный врач – к.м.н. Е.Ю. Лудупова), Городская клиническая больница скорой медицинской помощи им. В. В. Ангапова (главный врач – к.м.н. Э.Б. Раднаев), Бурятский республиканский клинический онкологический диспансер (главный врач – к.м.н. А.П. Перинов).
Клинические базы имеют в своем составе специализированные отделения (хирургия желудка и пищевода, желчевыводящих путей и поджелудочной железы, заболеваний кишечника, легких, сердечно-сосудистой хирургии, нейрохирургии,), отделения реанимации и интенсивной терапии, ультразвуковой, эндоскопической, функциональной, лучевой, ангиографической, компьютерной и лабораторной диагностики.
Руководителями подразделений являются высококвалифицированные специалисты-клиницисты – доктора и кандидаты медицинских наук. Они также принимают участие в педагогическом процессе на кафедре.
Ежегодно в клиниках выполняется 3-5 тысяч неотложных и плановых операций на органах брюшной полости, широко применяются малоинвазивные технологии лечения – эндо- и лапароскопические вмешательства. Наиболее сложные операции выполняются сотрудниками клиники.
На кафедре внедрены в клиническую практику современные методы эндоскопической, функциональной диагностики, оперативных и эндоскопических способов лечения патологии органов желудочно-кишечного тракта. Научные исследования направлены на обоснование дифференцированного подхода к выбору метода операции с целью снижения летальности и послеоперационных осложнений, т. е. отвечают требованиям практического здравоохранения и являются фундаментом педагогического процесса.