Общее руководство Бурятским государственным университетом осуществляет выборный представительный орган - Ученый Совет БГУ, возглавляемый ректором.
Ученый Совет избран 30 ноября 2021 года конференцией научно-педагогических работников и представителей других категорий работников и обучающихся в университете. Действующий совет утверждён на срок полномочий с 01 декабря 2021 года по 01 декабря 2026 года (приказ и.о. ректора БГУ №622-ОД от 30.11.2021 г.)
Деятельность Ученого совета направлена на решение основных вопросов жизнеобеспечения и развития университета в целом и основана на гласности и демократических принципах.