Если ингибитор по пространственной структуре напоминает субстрат, то он может производить так называемое конкурентное ингибирование активности фермента, занимая место субстрата в его активном центре и непрочно связываясь с ним. Конкурентным ингибитором может быть ,например, стрептоцид, который занимает место ростового фактора бактерий - парааминобензойной кислоты - в активном центре одного из бактериальных ферментов
Другой вид ингибирования - неконкурентное торможение. Неконкурентные ингибиторы вступают в необратимое химическое взаимодействие с отдельными функциональными группами активного центра и блокируют его.